乙肝治疗并非大众认为的“转阴”、“大三阳变小三阳”简单，需要一个长期过程。目前乙型肝炎的治疗以干扰素和核苷类似物这两种为主，从抑制病毒的速度和程度上来说，核苷类似物比干扰素明显要快而强，但需要长期服药并存在一定的耐药发生率；而干扰素其效稍慢，但如获得疗效会较长久而持续，发生耐药现象不常见；疗程固定，不需要长期用药；干扰素需要注射给药，不方便，且不良反应相对多一些。通常核苷类似物口服药的治疗周期为一年左右；而干扰素的治疗一般时间较长，顺利的病情2年可得到改善，有的还需要3-4年，甚至一些肝硬化患者需要终身用药。

乙肝病毒感染肝细胞后，在肝细胞内病毒会被大量复制，繁殖后代。现在的抗病毒药物只能抑制病毒“模型”的后代，却不能破坏复制病毒的“复制体”。

乙肝抗病毒治疗的最佳时机是转氨酶异常、病毒复制活跃的慢性乙肝时期，而肝功能正常的病毒携带者疗效往往欠佳，不建议抗病毒治疗。