并且，细胞膜抗原检测存在抽样误差，能否仅凭一次结果提示“正常肝组织或轻度非特异性炎症”就排除肝炎目前仍有争论。 当前对于隐源性肝炎患者寻找新型肝炎病毒应仅限在少数有条件的单位进行。即使血清中病毒复制指标阳性，也有可能为假阳性或“健康”携带者，因业已存在的肝病的严重程度及其对抗病毒治疗的反应可能难以用病毒感染和病毒复制活动度来解释，此时仍需考虑其它因素（如酒精、药物、自身免疫等）单独或与病毒感染共同导致肝损害的可能。最后，在分析隐源性肝炎病因时，需考虑内脏性肥胖和短期内体重明显波动导致脂肪性肝炎、日常海鲜导致变态反应性肝炎的可能。

经过以上检查仍未明确肝炎病因而肝损持续存在者，可常规细胞膜抗原检测角膜K-F环和ANA，高度怀疑Wilson病或AIH者还需进一步检查。最后，对于影像学提示脂肪肝特别是合并代谢综合征者考虑诊断为NASH，否则诊断为隐源性肝炎，建议其改变生活方式和去除可能的病因及诱因。如果转氨酶持续增高且病程大于半年以上则行肝活检。 根据肝组织学改变可判断是否确实存在肝炎及其可能原因，并可通过免疫组化或原位杂交发现一些血清中肝炎病毒标志阴性的病毒性肝炎，肝活检仍难以确诊者则为隐源性肝炎。但应注意肝病理学诊断是一专门的学问，如对此没有专门训练的病理科医师，往往也有作出错误诊断的可能。

对于血清转氨酶增高个体，应在短期内复查肝功能，并根据病史和细胞膜抗原检测资料以及肝功能改变特征，判断是否为肝源性转氨酶增高并明确是否为全身性疾病累及肝脏。进而参考其他血清生化指标以及肝胆B超结果区分肝炎与非肝炎的其他肝病。 对于疑似肝炎病例，根据有无病毒性肝炎患者接触史和病毒血症症象，决定是否检测血清HAV、HCV、HEV免疫学指标协助诊断，但HBV免疫学标记特别是HBsAg应常规检测，免疫学标记难以确诊者则作HBV、HCV基因检测。并详细询问近半年内的饮酒史、用药史、有毒物质接触史，判断是否存在或并存相关肝病。