但在全面了解囊肿的大小、数目、位置以及肝脏和肝脏周围的有关脏器时，特别是对于需行手术治疗的巨大肝囊肿患者，CT检查对于手术的指导作用显然优于B超。一般情况下，肝囊肿患者并不需要作彩色超声及磁共振(MRI)检查。

化验检查对肝囊肿的诊断价值不大。通常，肝囊肿并不导致肝功能的异常。但太原中医肝病医院的专家指出有时为了鉴别诊断，作某些血液检查仍然是必要的，特别是血液甲胎蛋白(AFP)检查，以排除原发性肝癌。

随着影象诊断学的发展及普及，尤其是B超已列为人群体格检查的常规之一，而B超对肝囊肿的检出率可达98％，所以发现本症的不少。

CT片发现囊肿内有气泡形成提示感染，但如果近期有囊肿穿刺史或含气的胆管相通，但CT上亦显示看到气体，囊肿穿刺抽液有利于诊断，治疗以囊液引流加抗生素治疗为主。

而最关键的也是在囊肿内外压力差改变的同时最关键的一点，抑制囊壁上皮 细胞分泌囊液才是能让囊肿持续缩小的依据。在治疗上，也可以退而求其次，应用对肾脏囊肿有治疗效果的药物，对肝脏也有一定的效果。

手术治疗上，肝囊肿的治疗大部分使用外科手术的方法，这种方法手术创伤大，太原中医肝病医院的专家指出自从有了经皮肝穿刺的介入治疗方法后，外科手术的方法已经基本不用了。

这种介入治疗方法在B超指引下进行的，用细针将囊内液体吸出，然后注入少量无水酒精，以破坏分泌囊液的细胞，防治复发。

这种方法既简单又安全，也适合年老体弱的患者。对于继发感染者可以在抽出液体的基础上，放置引流管，使用抗生素冲洗，短期内就能愈合。有继发出血者，在囊肿内注入止血剂即可。

一般有着良好的预后，但是也不能排除恶性病变的存在。肝囊肿病情发展缓慢，一般不会突发恶变，不用太担心，常见的并发症是破裂出血、细菌感染、瘘及穿透，而罕见癌变。