有些学者认为病毒自身特性能决定疾病发展的过程。然而，一些研究结果表明，病毒载量与转氨酶升高程度之间，没有一致性。在其他方面，如肝脏活检，可以提示预后。

病毒载量与基因型

病毒载量与肝脏炎症和损伤之间没有关系，也不影响疾病的进展。干扰素治疗时监测病毒载量评价治疗效果是很重要的。但是未进行治疗的病人随访病毒载量没有意义。

基因型

然而，一些研究发现，有些基因型1的病毒，尤其是基因型1b，相对于其他的基因型，疾病的发展速度较快。另一些研究表明，不能证明基因型与疾病发展有相关性。因此，病毒基因型对于决定丙型肝炎病毒病人的治疗方案很重要，但是对预后没有意义。

病毒的多样性

一些学者发现丙型肝炎病毒准种群体差别越大，越可能引起进展性肝病。在得出准确的结论之前，对丙型肝炎病毒的准种需要进行进一步研究。

转氨酶水平(AST和ALT)

依照以前的说法，转氨酶升高提示慢性丙型肝炎患者病情恶化，或者是肝脏病变有进一步进展。但是有些慢性丙型肝炎患者转氨酶可持续正常。事实上，大约有1/3的慢性丙型肝炎患者(在美国有130万人)转氨酶从未出现过异常。