HCV存在着许多基因型，在世界不同地区至少存在6个基因型、50个亚型。HCV基因型分析具有一定的临床价值。因为有研究显示HCV基因型与其致病性、肝细胞癌(HCC)发生及干扰素(IFN)疗效有一定关系。HCV也可应用病毒蛋白抗原性不同进行分型。目前采用这方法可区分HCV基因型(HCV1、2、3型)，但仍不能区分HCV亚型。抗原分型的优点在于成本低、操作方便。HCV基因型与治疗反应率也有密切相关。一般认为HCV2及3型对IFN的反应优于HCV1型。
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