肝囊肿一般是没有症状的。当囊肿长大到一定程度，可能会压迫胃肠道而引起症状，如上腹不适饱胀；也有因囊肿继发细菌感染而有腹痛、发热的。
随着影象诊断学的发展及普及，尤其是B超已列为人群体格检查的常规之一，而B超对肝囊肿的检出率可达98％，所以发现本症的不少。
在人们的心目中，囊肿是在肝脏上面长出来的一个肿瘤，尽管没有多大的症状，也很不放心，会不会变肝癌呢?肝囊肿常见的并发症是破裂出血、细菌感染、瘘及穿透，而罕见癌变。先天性肝囊肿是绝对不会癌变的。
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