临床上肝囊肿的诊断并不困难，根据患者的临床表现，结合b超检查多能很快诊断肝囊肿，而且简单可靠。但是巨大孤立性肝囊肿在诊断时需要与卵巢囊肿、肝包虫囊肿、胆经积水、胰腺囊肿等鉴别。

与卵巢囊肿的鉴别：巨大卵巢囊肿或肠系膜囊肿主要位于脐区、耻区，而肝脏大小正常，一般容易鉴别。

与肝包虫囊肿的鉴别：肝包虫囊肿虽位于肝脏，但患者多来自牧区，有羊、犬等接触史，囊肿较大，触之硬切，扪之有层额，皮内试验阳性等特点，—般也容易鉴别。

与胆经积水的鉴别：有胆经积水多有胆囊炎病史，于胆囊区可触及表面光滑有压痛的肿块，肥痰造影胆囊不段影，这些表现都可以作为鉴别时的参考。

与胰腺囊肿的鉴别：巨大肝囊肿位于肝脏，囊肿会随呼吸上下移动，无压痛，易被推向下后方;而胰腺囊肿位于胃后深部，有压痛，常有胰腺炎病史，肖被推向前下方，放射性核亲肝扫描和超产枪合可以鉴别。右肾与心侧肝脏毗邻，故有时右侧肾盂积水或右肾囊肿易与右肝囊肿相混淆，但借助肾孟静脉造影、超声检查和放射性核素仍可鉴别。