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预防HBV感染，包括急性乙型肝炎和慢性乙型肝炎的并发症，必须阻断婴儿和儿童时期的感染。仅对高危人群采取免疫预防并不能阻断HBV的传播。推荐对婴幼儿及青少年进行全面免疫接种。免疫接种推行之前，1975～1984年美国婴幼儿暴发性乙型肝炎的死亡率是5.36/100000，而在推行之后，1984～1998年间下降到1.71/100000。

95%以上的婴幼儿和青少年在接受常规3次免疫接种后会产生保护性抗体(抗HBs)。对母亲是慢性感染者的幼儿至12～15个月龄时应检测HBsAg和抗HBs，以确定免疫接种是否成功，如不成功应决定是否治疗或再次免疫接种。对行血液透析的患者及合并感染HIV或有其它免疫缺陷疾病的儿童，也应进行免疫后应答的检测。

在香港进行的一项为期12年的前瞻性随机对照研究表明，在随机应用酵母基因工程疫苗或血浆提取的疫苗的318名儿童中， 12年后有80%的接种者产生的抗HBs滴度仍大于10mIU/ml。即使未检出抗HBs者， HBsAg也为阴性。因此，研究者认为，常规3次免疫接种后，由于抗体有再生功能，勿需再加强免疫。

乙型肝炎疫苗最常见的副作用是注射点疼痛(3%～%)和体温升高(超过37.7℃)(1%～6%)。疫苗组与安慰剂组相比不良反应发生无显著差异。过敏反应是唯一严重的不良反应，发生率为1/600000。