根据国内外的研究，慢性乙肝可分为免疫耐受期、免疫清除期、病毒残留期。在治疗过程中转氨酶升高或反复异常应以一分为二的辩证观点来分析其“利”与“弊”，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统已从消极防御转为积极主动防御，而这个时候恰好是抗病毒治疗的好时机，然而却往往被患者和医生忽视。

免疫耐受期：指病者的免疫系统对感染的病毒不产生特异性免疫反应，机体与病毒长期“和平共处”，表现为乙肝大三阳，病毒高复制、高表达(乙肝病毒DNA和e抗原明显增高)，但谷丙转氨酶正常，特异性细胞功能明显低下。

免疫清除期：免疫系统处于激活状态(免疫力增高)，特点为：谷丙转氨酶明显升高(100单位以上)，仍为乙肝大三阳，但e抗原定量和乙肝病毒DNA仍呈高、中度水平。特异性免疫功能为中等水平以上增高。

病毒残留期：指病毒复制已处于低水平复制或非复制(非活动期)状态。其特点是均为乙肝小三阳，若病毒低水平复制，免疫力正常或偏低，谷丙转氨酶正常或轻度升高，此种状态应积极治疗。